Quần thể nhà thờ Phát Diệm rộng 30.000m², gồm 1 nhà thờ lớn và 5 nhà thờ nhỏ (trong đó có một nhà thờ được xây dựng bằng đá tự nhiên, được gọi là nhà thờ đá), 1 phương đình (nhà chuông), ao hồ và 3 hang đá nhân tạo. Đi vào khu nhà thờ từ hướng Nam, sau hồ nước là một khoảng sân rộng rãi, thoáng đãng. Từ đây, du khách có thể quan sát tổng thể diện mạo của toà Phương Đình, được làm toàn bằng đá, có chiều dài 24m, chiều rộng 17m, chiều cao 25m.
Cả 3 tầng Phương Đình đều được xây dựng bằng những phiến đá, có phiến nặng hàng tấn. Đi qua Phương Đình, du khách bước vào nhà thờ lớn đồ sộ, xây dựng năm 1891, có 5 lối vào làm bằng đá, trạm trổ tinh tế, điêu luyện với các hoa văn, họa tiết ấn tượng. Nhà thờ lớn dài 74m, rộng 21m, cao 15m, được dựng bởi 6 hàng cột gỗ lim, trong đó có 2 hàng cột ở giữa đều làm bằng nguyên một thân cây lim.
Nằm song song hai bên nhà thờ lớn, có 4 nhà thờ nhỏ đăng đối nhau là nhà thờ Thánh Rôcô, nhà thờ Thánh Giuse, nhà thờ Trái tim Đức Mẹ và nhà thờ Thánh Pêrô. Mỗi nhà thờ là một tác phẩm kiến trúc mỹ thuật mang nét riêng vốn có.
Điểm nhấn trong quần thể nhà thờ Phát Diệm chính là nhà thờ Trái tim Đức Mẹ (nhà thờ Đá), được xây dựng hoàn toàn bằng đá, từ nền, tường, chấn song, cột, xà, các bức phù điêu…
Lối kiến trúc này chỉ có duy nhất ở Việt Nam và hiếm gặp trên thế giới. Chính vì lẽ đó, từ trước đến nay người ta đã lấy tên gọi của nhà thờ Đá để đặt gọi chung cho cả khu nhà thờ xứ Phát Diệm.
Đây còn là điểm tham quan du lịch hấp dẫn của du khách trong nước và quốc tế, là điểm nhấn trong bức tranh toàn cảnh về di tích lịch sử, danh lam thắng cảnh của quê hương Ninh Bình.